Niveles de islas de CpG de regiones promotoras específicas en suero y tejido tumoral de pacientes con cáncer de mama

Abstract

ANTECEDENTES: El cáncer de mama se caracteriza por su complejidad y desencadenamiento por factores múltiples que incluyen alteraciones genéticas y epigenéticas. La detección de mutaciones específicas para la aplicación clínica en cáncer de mama es problemática debido a la variabilidad amplia en la localización de las mutaciones en cada gen con la capacidad de provocar el fenotipo maligno. Por otra parte, se ha observado que las alteraciones epigenéticas tienen características más uniformes y una prevalencia aproximada al 95% de los tumores. Recientemente se ha revelado que la expresión génica anormal inducida por cambios epigenéticos tiene un papel crítico en la carcinogénesis de la mama humana al afectar la regulación del ciclo celular, apoptosis y transducción de señales. La metilación frecuente de genes supresores de tumor en el cáncer de mama la hace un marcador potencialmente útil para el diagnóstico de la enfermedad. OBJETIVO: Se diseñó el presente protocolo con el objetivo general de determinar los niveles de islas de CpG de las regiones promotoras de los genes APC, BIN1, BMP6, BRCA1, CST6, p16 y TIMP3 por PCR para metilación en muestras de suero y tejido tumoral de pacientes con cáncer de mama. Los objetivos específicos incluyen describir los niveles de islas de CPG de las regiones promotoras de los genes supresores de tumor investigados encontrados en las pacientes en cada estadio del cáncer de mama antes del inicio del tratamiento y después de cualquier modalidad de tratamiento inicial, correlacionar los niveles de las islas de CpG con la expresión de receptores de estrógenos, progestágenos y Her2/neu, así como con el grado histológico, la edad de las pacientes y la presencia de metástasis ganglionares y distantes. MATERIAL Y MÉTODOS: Cohorte 11 prospectiva de pacientes con cáncer mamario en cualquier etapa de su historia natural. Los criterios de inclusión son el diagnóstico histológico de adenocarcinoma mamario con inmunohistoquímica, sexo femenino, edad ≥18 años, disponibilidad de tejido tumoral y/o muestras de suero y firma de la carta de consentimiento bajo información. Se aislará DNA libre de células a partir del suero o del tejido tumoral. Las secuencias diana en las muestras se convertirán con bisulfito. Se emplearán cebadores prediseñados y etiquetados para los genes candidatos de acuerdo con la metodología empleada por Radpour y sus colaboradores (EpiTYPER® v1.0, SEQUENOM Inc., San Diego, California).(1) Se usarán 2 μL del producto de PCR como plantilla para la reacción de transcripción. Se depositarán 22 nL del producto tratado con RNasa-A para el análisis, los espectros de masas se recolectarán con espectrometría de masas y la proporción de los espectros de metilación serán generados con el programa informático. RECURSOS E INFRAESTRUCTURA: La obtención de muestras de sangre y tejido y la recepción de tejido parafinado, se realizarán en el HE. La extracción de DNA, tratamiento con bisulfito, almacenamiento y la PCR se realizará en el CIBO. EXPERIENCIA DEL GRUPO: El personal de CIBO cuenta con experiencia en los procedimientos de extracción de DNA y PCR para estudio epigenético. Este es el primer estudio de esta naturaleza desarrollado por el departamento de Oncología Médica del HE. TEMPORALIDAD DE LA REALIZACIÓN DEL ESTUDIO: El reclutamiento de participantes, análisis de los especímenes y análisis estadístico serán realizados a lo largo del año 2017 para objeto del desarrollo del presente trabajo de tesis, continuando posteriormente para el seguimiento prolongado de los desenlaces clínicos de las participantes.